JabRef est capable d'exporter le contenu de la base BibTeX, ainsi que les informations sur les groupes, dans une base de données SQL externe.
JabRef se connectera alors à la base de données spécifiée, effacera les tables existantes, creera de nouvelles tables et remplira ces tables avec les informations sur les entrées et sur les groupes. Notez que les informations de connexion ne vous seront pas demandées lors des prochaines exportations. Si vous souhaitez exporter vers une base de données différente, vous pouvez changez les informations de connexion en choisissant Fichier -> Connecter vers une base SQL externe (ou en cliquant sur le bouton correspondant dans le barre d'outils), puis en effectuant une exportation.