JabRef vous permet de lier vos entrées avec des fichiers de n'importe quel type stockés sur votre système, ainsi qu'avec des documents sur internet sous forme d'une URL ou d'un identifiant DOI. Chaque entrée peut contenir un nombre arbitraire de liens de fichier et chaque fichier lié peut être ouvert rapidement depuis JabRef.
En termes BibTeX, dans une entrée, les liens de fichier sont encodés dans un unique champ. Cependant, à l'intérieur de JabRef, ils apparaissent comme une liste modifiable de liens à laquelle on accède depuis l'éditeur d'entrées, comme pour les autres champs BibTeX.
Pour chaque lien de fichier, un type de fichier doit être choisi afin de déterminer quel icône devra être utilisé et quelle application devra être appelée pour ouvrir le fichier. La liste des types de fichier peut être affichée et éditée en choisissant Options -> Gérer les types de fichiers externes ou en cliquant sur le bouton Gérer les types de fichiers externes dans l'onglet Programmes externes des préférences.
Un type de fichier est défini par un nom, un icône, une extension de fichier et une application pour afficher les fichiers. Sous Windows, le nom de l'application peut être omis afin d'utiliser l'afficheur par défaut de Windows.
Si le champ "File" (fichier) est inclus dans les champs généraux, vous pouvez éditer la liste des liens externes d'une entrée dans l'éditeur d'entrées. L'éditeur d'entrée inclut des boutons pour insérer, éditer et supprimer des liens, ainsi que des boutons pour ré-ordonner la liste de liens.
Si vous avez un fichier à l'intérieur ou en aval de votre répertoire de fichiers (configuré dans Préférences -> Programmes externes -> Liens vers les fichiers externes -> Répertoire de fichiers principal), si son extension correspondant à l'un des types de fichiers externes définis, et si son nom contient la clef d'une entrée BibTeX, le fichier pourra être lié automatiquement en cliquant sur le bouton Auto dans l'éditeur d'entrées. Les règles décrivant les noms de fichiers pouvant être liés automatiquement à une clef BibTeX peuvent être configurées dans Préférences -> Programmes externes -> Liens vers les fichiers externes -> Utiliser une recherche par expression régulière.
Si vous voulez télécharger un fichier et le lier à partir d'une entrée BibTeX, vous pouvez le faire en cliquant sur le bouton Télécharger de l'éditeur d'entrées. Une boîte de dialogue va s'afficher, vous demandant d'entrer l'URL. Le fichier sera téléchargé dans votre répertoire de fichiers principal, renommé selon la clef BibTeX de l'entrée et finalement lié depuis cette entrée.
Il y a plusieurs façons d'ouvrir un fichier externe ou une page web. Dans la table d'entrées, vous pouvez sélectionner une entrée et utiliser le menu, le raccourci-clavier ou le menu déroulant pour ouvrir le premier lien externe d'une entrée. Alternativement, si la table d'entrées est configurée pour afficher la colonne Fichier (configuré dans Préférences -> Table des entrées -> Colonnes de tableau particulières -> Afficher la colonne Fichier), vous pouvez cliquer sur l'icône fichier pour ouvrir le premier lien externe d'une entrée. Pour accéder à un lien particulier d'une entrée, cliquez sur l'icône avec le bouton droit de la souris (ou Ctrl-clic sur Max OS X) pour afficher un menu montrant tous les liens.