Fitur ini dapat diatur melalui menu Pengaturan -> Pengaturan singkatan jurnal.
JabRef dapat secara otomatis merubah dari bentuk singkatan ke nama penuh dan sebaliknya, selama nama jurnal dan singkatannya ada dalam daftar anda. Anda bisa menggunakan memperoleh daftar singkatan dari beberapa berkas yang ada dalam cakra padat anda.
Pengubahan nama jurnal dapat dilakukan dari penyunting entri atau dari menu AlatBantuan. Jika anda berada di di bagian Jurnal dalam penyunting entri, untuk merubah ke bentuk singkatan, tekan tombol Gunakan singkatan. Setelah tombol ini anda tekan maka anda akan diberikan tiga pilihan:
Jika nama jurnal tidak ada dalam daftar, maka nama jurnal tidak akan berubah sama sekali.
Untuk merubah nama jurnal bersamaan, anda dapat memilih beberapa entri yang ingin anda ubah nama jurnalnya, kemudian dari menu AlatBantuan -> Singkatan nama jurnal (ISO), AlatBantuan -> Singkatan nama jurnal (MEDLINE) atau AlatBantuan -> Tidak menyingkat nama jurnal. Ketiga perintah tersebut dapat menyingkat atau menggunakan nama lengkap dari entri pilihan dimana nama jurnal ada dalam daftar jurnal.
Anda boleh menggunakan beberapa berkas daftar jurnal yang kesemuanya dapat ditautkan dari JabRef. Berkas daftar jurnal yang utama dapat disunting dari dalam JabRef.
Pengaturan dan pengeloaan daftar singkatan jurnal pribadi ada di bagian atas jendela Singkatan nama jurnal. Untuk memulai membangun daftar jurnal pribadi, pilih Berkas baru, tulis nama berkas atau gunakan tombol Jelajah. Apabila anda sudah mempunyai berkas daftar nama jurnal sebelumnya dan ingin anda gunakan pilih Berkas yang ada, dan tekan tombol Jelajah untuk memilih berkas. Tabel di kotak bawahnya akan menampilkan isi daftar jurnal dari berkas yang anda pilih.
Tabel serta tombol bantuan disebelah kanan akan membantu anda untuk menambah, menghapus dan menyunting nama jurnal serta singkatannya. Pada setiap entri, anda harus menuliskan nama lengkap dari jurnal serta nama singkatan ISO (misalnya "Aquacultural Engineering" dan "Aquacult. Eng."). Untuk menyunting entri, klik-ganda entri pada tabel.
Apabila anda sudah memilih berkas dan entri tabel memiliki paling tidak satu entri, kemudian anda menekan tombol OK, maka semuanya entri dalam tabel akan disimpan ke berkas yang dipilih, dan daftar jurnal yang ada di JabRef akan diperbarui.
Sebagai tambahan dari daftar jurnal pribadi, anda juga dapat mengkaitkan dengan beberapa berkas daftar jurnal eksternal. Definisi tautan ke berkas eksternal ada di bagian bawah dari jendela Singkatan nama jurnal. Daftar jurnal eksternal mempunyai format yang sama dengan daftar jurnal pribadi - perbedaanya hanya JabRef tidak memberikan fasilitas antarmuka untuk penyuntingan penyuntingan berkas eksternal.
Apabila perlu, untuk menambah daftar berkas eksternal baru, klik tombol + di bagian kotak bawah. Setelah itu anda bisa menekan tombol Jelajah atau tombol Muaturun yang terletak di sebelah kanan dari kotak berkas eksternal pada kotak bagian bawah jendela. Untuk melihat isi dari berkas anda bisa menggunakan tombol Pratampilan.