Anda mempunyai pilihan bagaimana menandai entri. Pintasan tombol ketik CTRL-M untuk menandai entri, sedangkan CTRL-SHIFT-M untuk melepaskan tanda entri. Anda juga bisa melakukan pada menu.
Penandaan tidak sama dengan memilih entri. Entri yang ditandai mempunyai perilaku berbeda dengan yang tidak ditandai dalam dua hal. Yang pertama, jika entri sudah ditandai akan selalu mempunyai warna latar tabel entri berbeda. Yang kedua, entri yang sudah ditandai selalu berada di lapis paling atas pada senarai entri, apabila tidak anda urutkan menurut grup atau setelah pencarian kata.
Warna penandaan entri tergantung dari tingkat entri, dengan urutan warna mulai dari kuning sampai merah. Ada menu untuk pengaturan warna di tiap tingkat entri, serta untuk pengaturan warna untuk tingkat entri tertentu.
Penandaan entri sangat berguna misalnya jika anda ingin melakukan pencarian tanpa ingin kehilangan hasil pencarian sebelumnya, atau contoh lainnya, anda ingin mengingat atau menandai artikel atau buku yang penting dan perlu ditambah/diperbaiki datanya.
Sebagai tambahan dari penandaan entri secara manual, JabRef dapat melakukan penandaan otomatis pada entri yang diimpor yang terakhir sekaligus melepaskan tanda entri yang dibuat sebelumnya. Penandaan entri otomatis ini akan mempunyai warna yang berbeda dengan warna hasil penandaan secara manual. Warna penandaan otomatis adalah hijau. Fitur ini bisa diatur dari menu Pengaturan -> Preferensi -> Umum
Penandaan entri berhubungan dengan nama pengguna anda. Nama yang digunakan dalam bidang "owner" dari entri yang anda buat atau anda import adalah nama pengguna anda untuk sistem operasi, namun demikian anda bisa merubahnya melalui menu Pengaturan -> Preferensi -> Umum). Pengguna lain dari berkas basisdata dapat menandai secara independen. Jika anda menyimpan berkas basisdata, penandaan yang anda lakukan juga akan disimpan.