JabRefでは、使用中のシステムに保管されているあらゆる型の文書のみならず、URLやDOI識別子の形でウェブ上の文書も、項目にリンクさせることができます。各項目にはいくつでもファイルリンクを付けることができ、リンクされた各ファイルはJabRefから簡単に開くことができます。
BibTeXから見れば、項目のファイルリンクはすべて一つのフィールドにコーディングされますが、JabRef内部では、編集可能なリンク一覧として表示されます。これは、他のBibTeXフィールドと同様に項目エディタからアクセスすることができます。
ファイルを開く際にどのアプリケーションを呼び出せばよいのか、アイコンはどれを表示すればよいのかを特定するために、各ファイルリンクに対しては、ファイル型を選択しなくてはなりません。ファイル型の一覧は、オプション→外部ファイル型の管理を選ぶか、設定ダイアログの外部プログラムタブ中の外部ファイル型の管理ボタンをクリックすることで、閲覧したり編集したりすることができます。
ファイル型には、名称・グラフィカルアイコン・ファイル拡張子・ファイルを閲覧するためのアプリケーションが指定されます。Windows上では、Windowsの既定ビューアを使用するためには、アプリケーション名を省略すれば結構です。
汎用フィールドに「file」フィールドが含まれている場合、項目エディタ内で、項目中の外部ファイル一覧を編集することができます。エディタには、リンクの挿入や編集、削除のためのボタンの他、リンク一覧を整序するためのボタンがあります。
お使いのファイルディレクトリ(設定→外部プログラム→外部ファイルリンク→基本ファイルディレクトリで設定)に、定義済みの外部ファイル型のいずれかを拡張子として持ち、名称にBibTeX項目のBibTeXキーが含まれているファイルがある場合、項目エディタの自動ボタンをクリックすれば、このファイルを自動的にリンクすることができます。どのファイル名をBibTeXキーに自動リンクするかの規則は、設定→外部プログラム→外部ファイルリンク→正規表現検索を使用で設定できます。
ファイルをダウンロードし、それに対してBibTeX項目からリンクを張るには、項目エディタからダウンロードボタンをクリックします。すると、ダイアログボックスが現れ、URLを入力するよう促されます。ファイルは基本ファイルディレクトリにダウンロードされ、その項目のBibTeXキーに基づいて名称が割り振られた上で、この項目からのリンクが張られます。
外部ファイルやウェブページを開くにはいくつかの方法があります。項目の最優先外部リンクを開くには、項目表から項目を選び、メニューを選ぶか、短絡キーを使用するか、あるいは右クリックメニューを使用します。または、項目表がファイル列を表示するように設定されている場合には(設定→項目表→特殊な表列→ファイル列を表示で設定)、ファイルアイコンをクリックすれば、項目の最優先リンクが開きます。項目のその他のリンクにアクセスするには、アイコンを右マウスボタンでクリックし(Mac OS Xの場合はCtrl-クリック)、すべてのリンクが載っているメニューを表示させてください。